Nació en la Ciudad de México, estudio Licenciatura en física en la UNAM, posteriormente obtuvo su maestría y doctorado en física por la Universidad de Wisconsin-Madison.

Es investigador Titular del Instituto de Astronomía de la UNAM desde 1983, donde ha dedicado sus esfuerzos a la promoción de la astronomía a nivel nacional e internacional y ha colaborado en proyectos para el Observatorio Astronómico Nacional en San Pedro Mártir, Baja California.

Fue director del Instituto de Astronomía de la UNAM (2003-2010), presidente de la Academia Mexicana de Ciencias (2012-2014), Director General de Divulgación de la Ciencia UNAM (2012-2017); Actualmente es el Coordinador General del Foro Consultivo Científico y Tecnológico A.C.   

En 2012 obtuvo el Doctorado Honoris Causa del Instituto Nacional de Astrofísica, Óptica y Electrónica (INAOE), y en ese mismo año también obtuvo el Galardón Iberoamericano “Veta de Plata” en Ciencia y Tecnología del Fondo Cultural Zacatecas.

Las áreas de interés del Dr. José Franco son el medio interestelar al igual que la formación interestelar, las regiones fotoionizadas y magnetohidrodinamica de plasmas.

Su trabajo de investigación es teórico e incluye una amplia variedad de temas, entre los que destacan: la formación estelar autorregulada, la evolución de regiones fotoionizadas, la evolución de remanentes de supernova, la evolución de vientos estelares magnetizados y de nebulosas planetarias, la actividad de núcleos activos de galaxias; solo por mencionar algunos.